Creo que es más sencillo.
Cuando le dices al sistema
Mostrar mensajes no leídos desde la última visita, la clave es esa, la
última visita.
Si no voy (h)errado, porque acostumbro a hacerlo, ya que algunos hilos, no es que no me interesen, es que salen de mi conocimiento obtuso de la materia, no los abro. Cierro la sesión (o me voy a otro lado vaya), y a la siguiente visita, no deberían aparecer, o al menos eso me parece. Igual me ha pasado de casualidad... pero cito un caso concreto, el tema de la Regla de Riego, hay veces que entro, para seguir como va la cosa, y hay días que no. Y a mi siguiente visita no me repite el hilo como no leído. ¿Casual digo? Igual sí!
Puede resultar que sea aún más sencillo, y en el perfil de usuario se pueda configurar algun aspecto sobre el particular. No lo he estudiado a fondo.

Tap tap.... He probado a dejar un hilo sin mirar siquiera, cerrar y volver, y vuelve a aparecer.... Así pues de lo dicho anteriormente, nada. Debió ser una casualidad. A ver qué nos dice el Jefazo!